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KTA蛋白層析系統(tǒng)延遲體積的確定與設(shè)置

來源:Cytiva(思拓凡)      分類:操作使用 2024-03-21 10:34:31 187閱讀次數(shù)
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?KTA蛋白層析系統(tǒng)的流路自身包含一定管路體積,這部分管路體積又稱為延遲體積。延遲體積依據(jù)位置不同可以分為梯度延遲體積和收集延遲體積,本文將對以上兩種延遲體積定義延遲體積確定方法UNICORN系統(tǒng)中延遲體積的設(shè)置進(jìn)行詳細(xì)介紹


梯度延遲體積(Gradient delay volume)


梯度延遲體積是指設(shè)置梯度程序時(shí)混合池與層析柱入口之間的體積,這部分管路體積會導(dǎo)致層析柱中真實(shí)梯度與程序中的梯度 (%B curve) 出現(xiàn)一定的延遲(圖1)。梯度延遲體積可以通過理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)測定的方法獲得,在使用特定混合器的層析系統(tǒng)中梯度延遲體積是一個(gè)定值,不會隨著使用層析柱體積大小發(fā)生改變。對于離子交換等通過拉梯度方式進(jìn)行洗脫的層析方法,進(jìn)行梯度優(yōu)化時(shí)尤其要注意,樣品洗脫峰對應(yīng)B%濃度,是此時(shí)混合池正在混合的梯度,并非樣品被洗脫當(dāng)時(shí)進(jìn)入柱子的B%鹽濃度。此時(shí),可以用開始給混合池梯度命令(綠色線起點(diǎn))和電導(dǎo)檢測器檢測到電導(dǎo)值開始增加(藍(lán)色線起點(diǎn))之間的體積差,近似作為梯度延遲體積,用于倒推樣品洗脫時(shí)對應(yīng)的B%濃度。


圖1. 真實(shí)梯度(藍(lán)色)對比程序梯度(綠色)


收集延遲體積(Fraction delay volume)


?KTA系統(tǒng)收集延遲體積指UV檢測器到樣品收集器或者UV檢測器與outlet之間管路的體積(圖2)。


圖2. 蛋白層析系統(tǒng)?KTA系統(tǒng)延遲示意圖


?KTA蛋白層析系統(tǒng)收集樣品時(shí),需要在系統(tǒng)中準(zhǔn)確設(shè)置收集延遲體積從而避免因?yàn)槭占舆t體積錯(cuò)誤,造成?KTA紫外峰圖顯示的樣品出峰位置與對應(yīng)的收集管發(fā)生錯(cuò)位的現(xiàn)象(圖3)。圖3中(a)圖沒有收集設(shè)置延遲體積導(dǎo)致SDS-PAGE膠圖與UV峰圖相比出現(xiàn)滯后現(xiàn)象;而(b)圖中準(zhǔn)確設(shè)置收集延遲體積,SDS-PAGE膠圖與UV峰圖可以較好的進(jìn)行對應(yīng)[1]


圖3. 系統(tǒng)延遲體積設(shè)置對收集位置的影響[1]


收集延遲體積確定方法


系統(tǒng)延遲體積可以通過理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)測定的方法進(jìn)行確定,以下將對兩種延遲體積確定方法分別進(jìn)行介紹。


01

收集延遲體積理論計(jì)算方法


理論計(jì)算是獲得延遲體積較簡便方便的方法,延遲體積理論計(jì)算包括以下3個(gè)步驟:

 1 

確定設(shè)備系統(tǒng)流路中所有成分部件。

 2 

查表確定系統(tǒng)流路中各個(gè)硬件單元(?KTA pure User Manual 9.14章節(jié))和單位長度管路對應(yīng)體積(表1)。

 3 

計(jì)算系統(tǒng)延遲體積:將混合池體積與連接層析柱管路體積相加即獲得梯度延遲體積;將UV檢測器樣品流通池的1/2體積(UV檢測器檢測點(diǎn)為流通池中心區(qū)域)與流路中其它硬件與管路的體積進(jìn)行加和,得到收集延遲體積。


注:pH閥V9-pH和V9H-pH對應(yīng)體積一般以閥門在bypass位置的體積計(jì)算,如果pH閥inline系統(tǒng)會自動(dòng)計(jì)入限流器和pH流通池的體積。


表1. ?KTA系統(tǒng)不同內(nèi)徑管路應(yīng)用及單位長度管路內(nèi)部體積


02

收集延遲體積的實(shí)驗(yàn)測定方法


UV吸收值測定法

連接F9-R和F9-T收集器的?KTA pure系統(tǒng)(圖3)可以通過UV吸收值測定的方法得到,通過測定V1(樣品入口與UV檢測器之間體積)、V2(樣品入口到收集器樣品出口端之間的體積),計(jì)算V2-V1+1/2V(V為UV檢測器流通池體積)獲得延遲體積[2][3]。具體實(shí)驗(yàn)步驟如下:

 1 

設(shè)置系統(tǒng)流速1 ml/min(如果流速不準(zhǔn)確,檢查系統(tǒng)泵是否進(jìn)氣,繼續(xù)實(shí)驗(yàn)前確定流速的準(zhǔn)確性)。

 2 

使用1%-5%丙酮溶液充滿樣品環(huán)(例:樣品體積100 μl)。

 3 

設(shè)置UV檢測器到收集器之間所有部件為bypass模式。

 4 

用水充滿系統(tǒng)管路,設(shè)置流速1 ml/min,用樣品環(huán)中丙酮溶液為樣品上樣。

 5 

計(jì)算從樣品注入點(diǎn)開始到層析圖譜紫外吸收Z高點(diǎn)流路體積,即為V1。

 6 

重新配置系統(tǒng)流路,將收集器置于UV檢測器之前。斷開UV檢測器兩端管路,用死體積較小的連接頭將兩端管路連接起來。收集器出口管路連入U(xiǎn)V檢測器,UV檢測器出口端接入廢液口Waste。

 7 

設(shè)置一個(gè)較大的收集體積(比如100 ml),保證實(shí)驗(yàn)過程中樣品從收集口流出。

 8 

設(shè)置流速1 ml/min,加入樣品丙酮溶液。

 9 

計(jì)算從樣品注入點(diǎn)開始到層析圖譜紫外吸收Z高點(diǎn)流路體積,即為V2。

 10 

依據(jù)公式計(jì)算V2-V1+1/2V(V為UV檢測器流通池體積),獲得延遲體積。


注:該方法不適用?KTA avant蛋白層析系統(tǒng),因?yàn)橛脩魺o法拆掉其樣品收集器連接的管路。


圖4. (A) ?KTA pure蛋白層析系統(tǒng)(B)F9-R收集器(C)F9-T收集器


稱重法

通過稱量水的重量測定收集延遲體積(容器重量需要預(yù)先稱重)[3]

 1 

設(shè)置系統(tǒng)流路從UV流通池直接流向收集器。

 2 

用魯爾接頭替換UV檢測器入口接管。

 3 

用注射器將UV流通池到收集器尖端整個(gè)管路用水充滿。

 4 

使用注射器用空氣將UV流通池到收集器尖端整個(gè)管路中的水完全替換出來。

 5 

通過稱量水的重量測定收集延遲體積。

 6 

重復(fù)3次實(shí)驗(yàn)取平均值。


標(biāo)準(zhǔn)配置的?KTA pure收集延遲體積


標(biāo)準(zhǔn)配置、使用標(biāo)準(zhǔn)長度管路的?KTA pure設(shè)備,其設(shè)備標(biāo)準(zhǔn)延遲體積數(shù)據(jù)已在?KTA pure使用手冊中列出。手冊中延遲體積數(shù)據(jù)是依據(jù)U9-M紫外檢測器計(jì)算,如果使用U9-L紫外檢測器需要在此體積基礎(chǔ)上加9μl (2mm流通池)、4μl(5mm流通池)。

標(biāo)準(zhǔn)配置?KTA pure Micro/Micro kit配置微量紫外檢測器、微量電導(dǎo)檢測器和微量出口閥。

標(biāo)準(zhǔn)配置的?KTA pure系統(tǒng)可以通過查詢對應(yīng)表格(表2、表3和表4)得到標(biāo)準(zhǔn)配置設(shè)備收集延遲體積信息。

其他型號標(biāo)準(zhǔn)配置的?KTA蛋白層析系統(tǒng)也可以通過查詢使用手冊獲得設(shè)備標(biāo)準(zhǔn)收集延遲體積。


表2. ?KTA pure25收集延遲體積


表3. ?KTA pure Micro/Micro kit收集延遲體積


表4. ?KTA pure 150收集延遲體積


UNICORN系統(tǒng)中收集延遲體積的設(shè)置


UNICORN系統(tǒng)中可以設(shè)置UV檢測器到Outlet閥及UV檢測器到收集器之間的延遲體積(圖4),具體設(shè)置步驟如下:

 1 

在System Control界面選擇System-Settings,打開System Settings對話框。

 2 

點(diǎn)擊 Fraction collection →Delay volumes。

 3 

在Detector-Frac 中輸入U(xiǎn)V檢測器到收集器之間的延遲體積數(shù)值;在 Detector – Outlet中輸入U(xiǎn)V檢測器到出口閥之間的延遲體積數(shù)值。


注:系統(tǒng)使用對應(yīng)配置的延遲體積時(shí)會自動(dòng)忽視其他設(shè)置的體積(比如使用收集器收集時(shí),UV檢測器到Outlet閥的延遲體積數(shù)值將被忽視)。因此建議設(shè)置各部分延遲體積,以便在更改收集方式時(shí)保證延遲體積的正確性。


圖4. UNICORN系統(tǒng)延遲體積的設(shè)置界面


需要說明的是不同型號的?KTA蛋白層析系統(tǒng)延遲體積的確定和設(shè)置方法,操作細(xì)節(jié)上可能存在細(xì)微差別,具體設(shè)置方法可以查看對應(yīng)型號產(chǎn)品的使用手冊。


參考文獻(xiàn):

1. 蘆亞菲. 《蛋白質(zhì)制備與鑒定平臺蛋白層析系統(tǒng)介紹》清華大學(xué)蛋白質(zhì)研究技術(shù)中心蛋白質(zhì)制備與鑒定平臺 2020/05/16 https://phoenix.tsinghua.edu.cn/index.php?c=show&id=519

2. ?KTA pure User Manual 29119969 AE

3. ?KTA Laboratory-scale Chromatography Systems CY13989-02Dec20-HB. Appendix 3 Determination of delay volumes


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